Ceux qui continuent à plonger dans les ténèbres ne feront un jour plus qu'un avec elles - « Lost », c'est le risque d'utiliser ses pouvoirs à outrance : ses pouvoirs deviennent inutiles pendant 24 heures, et en même temps, son corps physique est affecté d'une manière ou d'une autre. Les « Code : Breakers » semblent avoir prévu le coup. Afin de tromper l'ennemi, le groupe s'installe chez Sakura, le clan Onizakura, la plus puissante organisation chevaleresque du Japon, mais un nouvel ennemi les attend, avec lequel ils n'ont aucune relation étroite !