Quelque temps a passé depuis le Mt. incidents Minakami. X-Day a déjà eu lieu, laissant Cronos les dirigeants du monde. Un an après les événements de X-Day, la vie semble normale autre que le fait que Zoanoids sont parmi la population.Tetsuro, Mizuki, Yohei Onuma, et Shizu Onuma sont cachés dans un appartement, inconnaissance que aptom veille sur eux. Ils commencent à douter Sho est encore en vie. Balcus travaille sur un Zoanoid particulier pour vaincre aptom.